Une agence e-commerce à Lyon se choisit sur deux points : la plateforme qu’elle maîtrise réellement (Shopify, WooCommerce, PrestaShop ou Adobe Commerce) et sa capacité à tenir la boutique après la mise en ligne. Comptez 6 000 à 30 000 € selon le socle, plus 15 à 20 % par an pour le faire vivre. Huit agences lyonnaises de cet annuaire affichent une note Google vérifiable sur ce métier.
Une boutique en ligne qui ne vend pas coûte plus cher qu’un site qui n’existe pas. Il faut l’héberger, la maintenir, la corriger, et elle occupe la place. Les projets e-commerce qui déraillent à Lyon ne déraillent presque jamais sur le design. Ils déraillent sur un choix de plateforme fait en quinze minutes, sur un catalogue qu’on découvre trois fois plus complexe que prévu, et sur ce qui se passe le lendemain de la mise en ligne.
01Agence web et agence e-commerce, deux métiers
Beaucoup d’agences lyonnaises savent livrer un site vitrine propre. Nettement moins savent tenir une boutique qui encaisse des paiements, synchronise un stock et gère des retours. L’écart ne se voit pas sur un portfolio : il se voit dans les questions que l’agence pose pendant le premier rendez-vous.
- Le catalogue : variantes, déclinaisons, prix par quantité, tarifs professionnels. C’est là que les budgets explosent, pas dans les maquettes
- Le paiement : passerelle, 3D Secure, paiement en plusieurs fois, remboursements partiels
- La logistique : transporteurs, points relais, frais de port par poids ou par zone, bons de préparation
- La synchronisation avec l’ERP ou le logiciel de caisse, quand il existe. C’est souvent le vrai sujet du projet
- La fiscalité : TVA par pays, factures conformes, seuils de vente à distance
Si personne ne vous a demandé combien de références vous vendez et comment votre stock est tenu aujourd’hui, ce n’est pas encore un projet e-commerce.
Une agence qui propose la même plateforme à tous ses clients ne choisit pas, elle vend ce qu’elle sait faire. Ce n’est pas disqualifiant, à condition qu’elle le dise. Comparez la réponse de trois agences sur ce point précis : les écarts sont très parlants.
02Les six questions qui trient les agences
Ces questions ne demandent aucune compétence technique et se posent en trente minutes. Elles éliminent la moitié des candidats. Pour la version générale, valable au-delà de l’e-commerce, voir les 12 questions à poser avant de choisir une agence web.
- 1Combien de boutiques avez-vous livrées sur cette plateforme, et lesquelles tournent encore aujourd’hui ?
- 2Qui reprend le site en cas de bug un samedi de soldes, et sous quel délai contractuel ?
- 3Le code et les accès m’appartiennent-ils, y compris si je pars chez une autre agence ?
- 4Qui saisit les 800 fiches produits, avec quel format d’import, et qui paie si le fichier source est incomplet ?
- 5Comment mesurez-vous que la boutique vend mieux six mois après la mise en ligne ?
- 6Que se passe-t-il quand la plateforme publie une mise à jour majeure, et qui la finance ?
La quatrième question est celle qu’on oublie systématiquement. La reprise de catalogue représente souvent 20 à 30 % de la charge d’un projet e-commerce, et presque jamais 20 à 30 % du devis. Elle finit en avenant.
03Quelle plateforme pour quel type de boutique
Le débat Shopify contre open source se tranche sur votre contrainte principale, pas sur des préférences d’agence. Le détail des trois socles est développé dans notre comparatif WooCommerce, Shopify et PrestaShop.
- +Ouverture rapide, sécurité et mises à jour prises en charge
- +Coût de départ maîtrisé, équipe interne autonome sur le quotidien
- –Commission et abonnement à vie, qui pèsent quand le volume monte
- –Personnalisation limitée dès que le tunnel sort de l’ordinaire
- +Aucune commission sur les ventes, hébergement et données chez vous
- +Tunnel, tarifs et connexions ERP modelables sans limite
- –La maintenance est à votre charge, et elle n’est pas optionnelle
- –La qualité dépend entièrement de l’agence qui intègre
- Moins de 200 références, pas d’ERP, une équipe de deux personnes : la plateforme hébergée gagne presque toujours
- Catalogue technique, tarifs par client, connexion à un ERP existant : WooCommerce ou PrestaShop, avec une agence qui a déjà fait la connexion
- Vente en B2B avec devis, encours et remises négociées : le sujet n’est plus la boutique, c’est le portail client
- Plus de 10 000 références et plusieurs pays : Adobe Commerce ou un socle sur mesure, et un budget qui change de catégorie
04Les budgets réels à Lyon en 2026
Les fourchettes ci-dessous correspondent à des projets menés par des agences structurées de la région, hors budget publicitaire et hors production de contenu. Elles servent à repérer un devis aberrant, dans un sens comme dans l’autre.
| Type de projet | Budget | Ce que ça couvre |
|---|---|---|
| Boutique hébergée, thème ajusté | 6 000 à 15 000 € | Design adapté, catalogue simple, paiement et livraison standard |
| WooCommerce sur mesure | 12 000 à 30 000 € | Maquettes dédiées, tunnel adapté, imports catalogue, connexions de base |
| PrestaShop catalogue large | 20 000 à 50 000 € | Milliers de références, règles tarifaires, synchronisation ERP |
| Adobe Commerce ou socle dédié | 60 000 € et plus | Multi-pays, multi-entrepôts, logique B2B, intégration lourde |
| Faire vivre la boutique | 15 à 20 % par an | Mises à jour, correctifs, sauvegardes, évolutions du tunnel |
Ces fourchettes sont des repères de marché, pas le résultat d’une étude sur un échantillon de devis. Elles se confrontent à trois propositions écrites : la méthode de lecture d’un devis est détaillée dans notre guide des postes de coût.
- Le poste qui varie le plus n’est pas le design, c’est la reprise de données et les connexions à l’existant
- Un devis sans ligne de maintenance annuelle est un devis incomplet, pas un devis moins cher
- Le budget de lancement publicitaire se prévoit en même temps que le site : une boutique sans trafic ne prouve rien
- Pour les ordres de grandeur hors e-commerce, voir les prix d’un site internet à Lyon
05Les agences e-commerce lyonnaises notées
Cette sélection ne classe pas les agences par préférence. Elle reprend les agences de l’annuaire rattachées au métier e-commerce qui affichent une note Google publique sur au moins dix avis, classées par note pondérée : une note de 4,6 sur 124 avis pèse plus lourd qu’un 5,0 sur onze. Les agences sans note publique vérifiable ne sont pas classées, ce qui ne dit rien de leur travail.
Pilot’in édite cet annuaire et travaille aussi sur des projets e-commerce, ce qui interdit de figurer dans un classement qu’elle publie elle-même. La note est affichée à part, à vous d’en faire ce que vous voulez.
Une note Google mesure la satisfaction déclarée, pas la compétence e-commerce. Croisez-la toujours avec deux références clientes que vous appelez vous-même, sur des projets comparables au vôtre en taille de catalogue.
06Ce qui coince après la mise en ligne
La mise en ligne n’est pas la fin du projet, c’est le début de la partie qui décide du retour sur investissement. Les six premiers mois révèlent ce que le cahier des charges n’avait pas vu.
- Les paniers abandonnésEntre 60 et 80 % des paniers ne sont jamais validés. Les frais de port découverts trop tard et la création de compte obligatoire expliquent une bonne part de l’écart.
- Le stock qui mentUne boutique qui vend un article épuisé perd le client et l’avis. La synchronisation n’est jamais un détail de fin de projet.
- Les fiches produits videsUn catalogue importé sans descriptions ni photos correctes ne se référence pas et ne rassure personne. Le contenu est un poste de budget, pas une corvée du client.
- La vitesse en heure de pointeUn site rapide en test peut s’effondrer un soir de campagne. La mesure se fait en charge, pas sur un rapport de performance vide.
- Prévoyez un point mensuel les six premiers mois, avec des chiffres et pas une impression générale
- Regardez le taux de conversion par appareil : l’écart mobile contre ordinateur trahit un tunnel mal fini
- Faites-vous livrer un accès direct à l’hébergement et au dépôt de code, avant d’en avoir besoin
- Pour la visibilité locale de la boutique, voir notre guide du SEO local à Lyon
07Cadrer votre consultation
Trois agences suffisent. Au-delà, vous comparez des documents, plus des équipes. Le cadrage tient en une page et fait gagner un mois.
- 1Écrivez le nombre de références, le volume de commandes visé et les logiciels déjà en place. Ces trois lignes valent trente pages de cahier des charges
- 2Demandez un devis découpé par poste, avec la reprise de catalogue et la maintenance annuelle isolées
- 3Exigez le nom de la personne qui travaillera réellement sur le projet, pas seulement celui du commercial
- 4Appelez deux références clientes par agence, sur des projets de taille comparable
- 5Tranchez sur la capacité à tenir la boutique dans deux ans, pas sur le prix de la première facture
- Pour comparer plus largement les agences lyonnaises, voir le guide agence web à Lyon
- Pour la partie référencement du projet, voir les agences SEO à Lyon
- Pour les prestataires e-commerce référencés, voir la page agence e-commerce à Lyon
Questions fréquentes
Combien coûte un site e-commerce à Lyon en 2026 ?
De 6 000 à 15 000 € pour une boutique hébergée avec un thème ajusté, de 12 000 à 30 000 € pour un WooCommerce sur mesure, de 20 000 à 50 000 € pour un PrestaShop à catalogue large. Au-delà de 10 000 références ou de plusieurs pays, le budget dépasse 60 000 €. Prévoyez en plus 15 à 20 % du budget initial par an pour la maintenance et les évolutions.
Shopify ou WooCommerce pour une PME lyonnaise ?
Shopify si vous avez moins de 200 références, pas d’ERP à connecter et une petite équipe : la sécurité et les mises à jour sont prises en charge. WooCommerce dès que le tunnel doit être adapté, que les tarifs varient par client ou qu’il faut se connecter à un logiciel existant. La commission Shopify devient un vrai sujet à partir de quelques centaines de milliers d’euros de volume annuel.
Comment vérifier qu’une agence sait vraiment faire de l’e-commerce ?
Demandez le nombre de boutiques livrées sur la plateforme envisagée et lesquelles tournent encore. Vérifiez qu’on vous interroge sur votre nombre de références, votre gestion de stock actuelle et vos transporteurs dès le premier rendez-vous. Une agence qui parle maquettes avant de parler catalogue n’a pas encore compris le projet.
Qui saisit les fiches produits ?
C’est le point à trancher par écrit avant de signer. La reprise de catalogue pèse souvent 20 à 30 % de la charge réelle du projet. Si le devis ne dit pas qui fournit les données, dans quel format, et qui paie en cas de fichier incomplet, ce coût réapparaîtra en avenant.
Faut-il choisir une agence à Lyon plutôt qu’ailleurs ?
Pour l’e-commerce, la proximité compte surtout au démarrage : ateliers de cadrage, reprise de catalogue, formation des équipes. Ensuite, la réactivité et les engagements de délai comptent davantage que la distance. Une agence lyonnaise qui connaît vos transporteurs et vos prestataires logistiques garde un avantage concret.
Combien de temps prend un projet e-commerce ?
Comptez 8 à 12 semaines pour une boutique hébergée avec un catalogue prêt, 4 à 6 mois pour un projet sur mesure avec connexion à un ERP. Le délai se joue rarement sur le développement : il se joue sur la disponibilité de vos contenus et sur les allers-retours de validation.
Co-fondateur de Pilot’in en 2013 à Lyon. L’agence — HubSpot Implementation Partner (Platinum) et organisme de formation Qualiopi — accompagne PME et ETI sur le WordPress sur mesure, le SEO et la prospection B2B (450+ projets, 4,9/5 sur Google).